野生或栽培2至3年后采收，于秋后茎叶枯黄时，选晴天挖取，除去根部附着的茎叶，抖落泥土，晒至半干，撞去外皮，晒干或烘干。
黄芩根呈圆锥形，多扭曲，长5至25厘米，直径1至3厘米，表面棕黄色或深黄色， 有纵皱纹或不规则网纹及侧根痕。质硬而脆，断面黄色，中间红棕色，老根木部枯朽，棕黑色或中空者，称“枯芩”。气微，味苦。
以条长，质坚实，色黄者为佳。营养分析黄芩主要含小檗碱、黄连素、甲基黄连碱等多种生物碱。对痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌有抑制作用。
抑菌实验证明，蒸、煮过的黄芩对白喉村菌、绿脓杆菌、溶血性链球菌、大肠杆菌等的抑制作用比生黄芩（原生药）、冷水当黄芩强。这是因为黄芩经蒸制或沸水煮后，可使酶灭活，不致酶解黄芩甘类成分，从而保存药效。相关人群脾胃虚寒，食少便溏者禁服。食物相克黄芩恶葱实；畏丹砂、牡丹、藜芦。制作指导1. 清热泻火解毒宜生用，治上焦热症宜酒炒，泻肝胆实火宜猪胆汁炒，止血宜炒炭。
2. 对湿温发热，可与滑石、白蔻仁、茯苓等配合应用。
3. 对湿热泻痢、腹痛，又常与白芍、葛根、甘草同用。
4. 对于湿热蕴结所致的黄疸，可与绵茵陈、栀子、淡竹叶等同用。
5. 治热病高热，常与黄连、山栀等配伍。
6. 治肺热咳嗽，可与知母、桑白皮等同用。
7. 治血热妄行，可与生地、丹皮、侧柏叶等同用。
8. 对热毒疮疡，可与银花、连翘等药同用。
9. 用于胎动不安，常与竹茹等配合应用。食疗作用黄芩味苦、性寒，归肺、心、胆、肝、胃、大肠经；
体轻气清，可升可降；具有清热燥湿，泻火解毒，止血，安胎的功效；
主治湿热内蕴，呕吐，泻痢，黄疸，热淋，肺热咳嗽咯痰，温病发热烦渴，肝火头痛目赤，痈肿疔疮，吐衄便血，崩漏下血，胎热不安。其他相关《纲目》云：“芩，《说文》谓其黄也。或云芩者黔也，黔乃黄黑之色也。宿芩旧根，多中空，外黄内黑，即今所谓片芩，故双有腐肠、妨妇诸名。妨妇心黯，故以比之。”又云：“子芩乃新根，多内实， 即今所谓条芩。”陶弘景亦云：“圆者名子芩，破者名宿芩。其腹中皆烂，故名腐肠。”按本品色黄，故名黄芩。
