由于女性特有的生理结构和生理周期，如果运动不当，有可能损伤生殖器官引发一些妇科疾病。
运动不当可能造成月经异常。从事较大运动量的女性，月经异常者占相当大的比例，多表现为月经初潮延迟、周期不规则、继发性闭经等，而且运动量越大的女性，月经初潮到来的年龄也就越晚。其原因主要是由于剧烈运动会抑制人体的下丘脑功能，造成内分泌系统功能异常，影响体内性激素的正常水平，从而干扰了正常月经的形成和周期。
运动不当还可能导致卵巢破裂。剧烈活动、抓举重物、腹部挤压、碰撞等都可能引起卵巢破裂，出现下腹部疼痛，甚至波及全腹。卵巢破裂一般发生在月经周期第10~18天，其中80%为黄体或黄体囊肿破裂，腹腔穿刺有血。
运动不当还可能造成子宫下垂或子宫内膜异位症。女性做超负荷运动之时，特别是举重等训练可使腹压增加，引起子宫暂时性下降，但不会出现子宫脱垂。若长期超负荷运动，就会发生子宫脱垂。经期剧烈运动还有可能使经血从子宫腔逆流入盆腔，随经血内流的子宫内膜碎屑有可能种植在卵巢上。
此外，锻炼不当还会导致外阴创伤。如外阴部与自行车的坐垫、横档或其他硬物相撞之时，很容易发生外阴部血肿，严重者伤及尿道和阴道，甚至盆腔等部位。
