科学合理使用消毒剂和抗菌药物有多个好处：一是用药次数少，减少了环境变化和药物对鱼体的刺激，有效降低鱼病的发生率；二是药物选用准确，能够及时准确地治疗疾病，避免浪费药物和耽误治疗；三是用药量准确，不浪费药物，水环境破坏小，鱼的品质也好。
但目前，不少养殖户在使用消毒剂和抗菌药物时的一些做法，看似有道理，实际上却是错误的用法。
错误1：认为定期使用抗菌药以及大量频繁使用消毒剂能够预防疾病。
定期使用抗菌药物，造成鱼体肠道内细菌的耐药性不断加强，一旦耐药性菌在鱼体免疫力降低时，进入血液和其它内脏器官，再使用抗菌药物时，将无法杀死耐药性的致病菌。例如：2013年4月1日，通州区管头一家养殖场养殖的七彩神仙发病，使用任何药物都不见效，送至市水产技术推广站实验室后，从病鱼的肝、脾等内脏器官上分离到大量形态一致的菌落，鉴定后确诊为弗氏柠檬酸杆菌引起的细菌病。耐药性检测该菌对所有测试的抗菌药物完全耐受。经询问，养殖者长期定期给鱼使用抗菌药物。
在鱼没有发病时，大量频繁使用消毒剂，杀死水体中的正常菌群，破坏水体环境。环境改变造成鱼的应激，免疫力下降，更易患病。药物本身也会对鱼产生刺激。
错误2：不重视对病原诊断，一旦发病，乱用药物。
有些养殖者一旦发现鱼类出现死亡，往往不做病原诊断和药敏试验，凭借个人经验随意用药。有些养殖者在显微镜下发现少数几个寄生虫时，就认为是寄生虫病，需要杀虫。同时主观认为虫体对鱼造成伤口，鱼也感染有细菌病，杀完虫后再杀菌。这些做法通常导致用药无效，治疗失败，既耽误治疗，又浪费药物。近两年，市水产技术推广站鱼病室收到很多养殖者送来的病鱼，都是养殖者自己用药一周至一个月不见效果后前来检测的。经检测发现，有些不是细菌病，却用了相关的药物。如朝阳区的一家渔场，建议停药后，2-3天鱼的死亡率就降下来了。有些是细菌病，分离到的致病菌已对两种以上的抗菌药产生了耐药性，经推荐使用敏感抗菌药，3-5天鱼即停止死亡。有些是重大疾病，目前使用的药物根本无法治疗，建议隔离、消毒和加长增氧机时间，降低了养殖户的损失。
错误3：不了解病原的耐药性，乱用和加大剂量使用药物。
主要表现在治疗时不进行病原菌药物敏感性试验，不了解病原的敏感药物和敏感浓度，加大药物的使用剂量。例如，如果正常使用氟苯尼考治疗鱼类细菌病，每千克鱼用10毫克就有用，但用到20毫克，肯定会加强病原菌的耐药性，下次用氟苯尼考若低于20毫克就起不到治疗效果，需要再加量，久而久之，这种药就不再管用了。还有养殖者在治疗鱼病时频繁更换药物种类，即今天用了一种药不见效，后天就改用另外一种药，过两天不见效，就再更换药物。其实，任何药物在治疗疾病时，其作用都需要一定的时间。频繁地更换药物，只能造成药物浪费，耽误治疗时机，并可能造成药物拮抗，治疗效果更差。
