红薯收获后，窖藏管理是关键。入窖后要保持适宜温度，薯块在贮藏期间的适宜温度为10℃～14℃，低于9℃则易受冷害，高于15℃则呼吸作用旺盛，致使薯块发芽、重量减轻、品质下降。根据薯块的特点和天气变化，对薯窖的管理可分为三个阶段。
前期薯块入窖初期以通风、降温、散湿为主。因为刚入窖时外界气温高，薯块呼吸强度大，放出大量的水汽、二氧化碳和热量，致使窖内温度升高、湿度增大。这就给薯块发芽、感染病害创造了条件，尤其是带病的薯块由于病菌侵染蔓延，造成薯块大量腐烂，俗称“烧窖”。如果温度适宜，薯块只会发芽不会腐烂。在薯块入窖30天内要经常注意窖内温、湿度的变化，加以调剂。入窖5～7天前为了促使伤口愈合，窖温保持在15℃～18℃，注意不要使窖温上升到20℃以上，入窖5～7天后，窖温不超过15℃，最好控制在12℃～14℃，相对湿度保持在85%～90%。
中期薯块入窖后30天至来年立春前后，以保温防寒为主。这个阶段气温低，薯块呼吸强度弱，放出热量小，是薯块最容易受冷害的时期。注意当窖温下降到12℃～13℃时，即开始保温。如封闭口与通气孔，在薯堆上盖干草或草苫(兼防冷凝水浸湿薯块，以防受湿害)，如严冬窖温降低到9℃～10℃，视窖温应适当加热增温。
后期立春至出窖前。气温逐渐回升，但天气变化无常，时有寒流，由于薯块长期贮藏，呼吸作用微弱，抵抗力减弱，经不起窖温过大的变化，受不了低温的侵袭。所以应随时注意天气变化，及时调整窖口与通气口，要保持窖内温度在12℃～14℃，相对湿度不低于85%～90%。
