春季种子堆表层往往会由于外界温度骤然下降而发生结露，从而导致种子霉变。如发现种子含水量上升，应及时通风或晾晒种子，以减少损失。
由于各种害虫开始活动，会威胁种子的贮藏安全。因此，应该在仓库四周撒上药剂，以防止害虫侵入仓库。另外，还必须经常检查贮藏的种子。检查时常采用划区定点取样方法进行，即将种子堆分成上、中、下3层，每层设5个点，共15个点进行取样，然后用直径约30厘米的小型手筛过筛。
由于地面开始解冻并返潮，因此靠近地面、墙壁、柱脚等处的种子，容易发热霉变，一般应采取隔离措施，把种子用木板等物垫高50厘米左右，种子与墙壁、柱脚等也应保持50厘米以上的距离。
