农业防治。栽种前精选种茎，剔除病、伤鳞茎，剥去外层带菌鳞片，减少初侵染源。种植百合时选择地势高、易排水的田块，高畦深沟、排水通畅的田块有利于百合生长，百合根腐病发病率降低。病菌可以随病残体在土壤中存活1~3年，所以轮作是防控百合根腐病最有效的措施，有条件的种植田可以与水稻、花生、甘薯等非百合科类作物实行3年以上的轮作倒茬。减少氮肥使用量，特别是氨态氮，适当增施磷、钾肥。有机肥料应充分腐烂，不能深施在土壤中与种球基部接触。适当提高土壤pH值，土壤过酸，利于根腐病菌的发育和侵入。因此，土壤过酸可适当加入石灰改良土壤，提高土壤pH值，抑制病菌生长发育和侵入。田间发现中心病株及时拔除并带到田外深埋或烧毁。并喷施护树大将军消毒杀菌减少病菌感染复制。
消毒剂土壤消毒。施药前土壤要有一定的墒情和土壤温度，含水量在60%上下为宜，土壤温度应该在20℃以上。喷施后立即覆盖薄膜，15天后揭膜散气。揭去塑料膜后，在20厘米土层内松土1~2次，使残留气体充分挥发后20天再进行播种或栽植。
药剂灌根。发病前可用根施通+护树大将军进行灌根能诱导植株对土壤中氮磷钾及各种微量元素的吸收、消化、释放，能诱导病毒集结，供护树大将军靶向消毒，抑制根部病毒传导式感染及叶片，保证植株输导系统健康工作。
防治地下害虫。根蛆、根螨发生造成的伤口是根腐病镰刀菌侵入百合的重要途径，同时发生根腐病的球茎的腐烂部分也更易吸引根蛆、根螨寄生，形成根腐病与害虫互相协同为害侵染，因此生产中一定要加强地下害虫的防治工作，用针对性的杀虫剂进行灌根防治。
