发酵分为厌氧发酵和好氧发酵，如利用金宝贝二型发酵剂进行的青贮饲料的发酵属于厌氧发酵，而利用金宝贝一型发酵助剂进行的堆肥发酵则属于好氧发酵。厌氧发酵时无须有氧气参加，只要做到密封就可以；而好氧发酵时就要求物料能够透气，避免微生物因缺氧而无法工作。下面是一些发酵过程中常用的通气方法，用来供给足够的氧气，维持发酵工作。
首先，翻堆。如金宝贝一型发酵助剂发酵肥料时，大型的肥料工厂可以用翻堆机直接翻堆，而农户自家没有机械，只能通过人工翻堆。翻堆时应尽量细致，达到通风透气的目的。
其次，打孔。这种方法可以节省人工，操作相对较简单，适合劳动力少的用户。向物料堆中插入木棒（木棒可削成尖形），再拔出，形成孔洞，数量应尽量多。如金宝贝基质营养土发酵助剂发酵制作培养料时可以采取这种方法。
再次，遮盖物。物料发酵的遮盖物应该用草帘、麻袋等透气材料。如果用塑料布遮盖，应该将其用砖头、木棍垫起，距离物料表层10—20厘米。并且，应留适当缝隙，以利氧气进入。
最后，鼓风机。运用鼓风机可加快氧气的补给，可适当利用。
