从这种意义上讲，堆肥并不等于微生物有机肥料，微生物有机肥料更不要与生物肥料混淆。过去讲的生物肥料实际上是微生物菌剂。由于没有有采购载体，不能确保微生物施到土壤后能存活和繁殖。微生物肥料有固氮、解磷、解钾、颉颃病原、低湿促生微生物有机肥料等种类。这些作用与中国化肥投入减氮、活磷、补钾的政策一致。
目前微生物有机肥料的研制思路分两条主线：一是筛选特定微生物，然后选择合适的液体发酵条件；二是根据堆肥、氨基酸肥不同，配伍不同的有机载体，然后进行微生物有机肥料产品的开发研制。
微生物有机肥就是指具有营养功能（间接或直接）成分的组合，这种微生物施入土壤后能存活、迅速繁殖和发挥功能，实际上就是功能微生物和适合于这种微生物生长的有机载体的集合。
