土壤中生息着无数的微生物，不同的优势群体可造就不同的土壤环境。根据土壤中主要的微生物种类，可将土壤分为如下几个类型：
（1）腐败型土壤
真菌中的致病菌占主导地位，此时如果施用含氮量高的新鲜有机物反而有害。现在的一般土壤，90%以上是腐败型的。无机养分不溶化，土壤板结，物理性状差，水田气体发生显著。大量施用化肥农药，特别是土壤消毒剂，会使微生物相失去平衡，容易造成腐败型土壤。
（2）净菌型土壤
能产生抗菌物质的微生物多、土壤病虫害难以发生的土壤称为净菌型土壤。在这种土壤中，青霉、抗滴虫霉和链霉等抗菌物质的活力较强，真菌中的致病菌占有率在5%以下，病虫害发生较少。
在这种土壤环境下，即使投入高氮的新鲜有机物，也不会发生腐臭，有机物分解后有山林表土的特殊气味，土壤呈疏松的颗粒化，透水性良好，不易发生病害。但此类型的土壤生产力较低，如果与合成型土壤相结合，则能产生很高的生产力。
（3）发酵型土壤
此型土壤中，以乳酸菌和酵母菌为主体，发酵型的微生物占据优势。如果施用新鲜有机物，会产生芳香的发酵味，曲霉多发。致病菌占有率在5%以下，颗粒性、耐水性好，土壤松软，无机养分容易分解。土壤中的氨基酸、糖类、维生素以及其它生理活性物质增多，能促进作物生长发育，水田气体发生很少。
（4）合成型土壤
此型土壤中，光合菌、藻类、固氮菌等合成型微生物占优势，水分比较稳定，只需施用少量有机物，即能使土壤肥沃。致病菌占有率低，水田气体发生少。发酵型与合成型配合，是最理想的土壤。
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