酵素菌技术应用于种植业，主要是制成各种酵素菌肥料。按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥（土曲子)；酵素菌粒状肥和液体肥；酵素菌叶面喷肥三大类。
酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能够控制土壤的各种病害传播，克服作物的重茬病害，并能产生大量的腐殖质，改善土壤的理化性状；能够增强土壤的保水保肥能力，对各种保护地栽培的作物十分有利。
酵素菌粒状肥包括高级粒状肥、磷酸粒状肥和鸡粪粒状肥。
酵素菌叶面喷肥又称黑砂糖农药。施用后，可以克服过量氮引起的植株障碍，促进光合作用，消除由于不良天气对作物造成的减产或病害流行。
