有机肥施用效果不佳的原因很多，大致可以分为两大类：第一类是生产企业的原因，第二类是施用方法的原因。
1 生产企业的原因
一是养分。由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样迈向了市场。无肥料登记证企业生产出来的产品直接面向用户，这一块特别难以监管。
二是pH值。原材料在发酵过程中pH变化较大，如果控制工艺不好，发酵出来有机肥pH在8.5以上或5.5以下也不奇怪。过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡，而过碱的有机肥料遭遇偏碱土壤，危害更大。
三是氯离子含量。一般没有人会去检测有机肥中的氯离子含量，但有些原料却含有不少的氯离子，在严重忌氯的作物上施用时会出现严重问题。有些厂家将氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。
四是含盐量。一般来说，以生活污泥、厨余垃圾等为原料的有机肥盐分较高，施到不耐盐的作物会导致出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。
五是阳离子交换量。一般腐熟的有机肥，其阳离子交换量大，保肥肥力、缓冲能力强，对pH、盐分有很好的缓冲作用，对于维持土壤的良好状况有着很重要的作用。而没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
六是腐植酸。腐植酸与铵、钾、钠结合，具有刺激作物生长的功能，也具有易吸收的效果，还可提高作物抗逆性，促产，促萌发，更可因为其交换能力而增强土壤缓冲能力。腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显，新鲜原料几乎不含有腐植酸。
七是小分子脂肪酸。小分子脂肪酸易招引苍蝇，这比较容易观察出来。一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是抑制种子萌发，抑制根系生长。
八是重金属。重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。由于设备昂贵，大部分企业是没有设备对重金属进行检测的，农资市场到现在才多见执法部门对重金属进行检测。
九是有害微生物。堆肥温度在50℃以上的时间不少于5天，可以杀死病原菌及虫卵，达到无害化。但实际上很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达50℃以上或达到了却时间维持过短，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能被杀灭，这就影响了作物健康生长。
2 施用方法的原因
有机肥施用效果不佳，与肥料销售员的推广误导有关，也与用户自身知识和习惯施用方法有关。
一是有机肥用来追施。用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等的功能也都体现不出来。
有机肥的最佳施用方式是配合无机肥作为基肥，最好与土壤进行混合，即使做不到但起码（有机肥）也要做到不裸露在土壤表面，如沟施穴施等。
二是有机肥与作物直接接触。有些用户担心肥效不够，或想尽快见效，把有机肥与作物直接接触，这样的后果是导致烧苗严重会死棵。
三是直接施用新鲜粪便。施用新鲜粪便就好像厂家卖给用户未腐熟的有机肥一样，一旦出问题会更加严重。
