导致作物缺锌 例如施用过量的磷酸钙，会使锌与磷发生反应，造成磷酸锌沉淀，作物无法对其进行吸收，就会出现明显的缺锌症状。
导致作物缺硅 过量施用磷肥，会导致土壤中的硅元素被固定，阻碍作物的吸收，从而导致作物缺硅，尤其是对那些喜硅类的禾本科作物，例如水稻等的影响要更为严重。
使有害元素在土壤中累积 磷肥的原料一般为磷矿石，磷矿石中含有很多种的杂质，包括很多有害物质，例如铅、镉等有害元素，尤其是镉元素在土壤中呈现出有效态，很容易就会被作物给吸收，造成作物体内重金属的累积，并进一步的给人体健康带来危害。
造成土壤理化性质恶化 过磷酸钙等磷肥中含有大量的游离酸，大量施用会造成土壤的酸化。而钙镁磷肥等磷肥中含有约四分之一左右的石灰等，施用过多会造成造成土壤盐碱化。
