微生物菌肥的主要有效成分是生物活性菌，在施用过程中要非常注意以下几方面：
1.见杀菌剂就死亡，所以不能与杀菌剂混合使用来防治根腐病等土传病害；
2.见紫外线就死亡，秋季为太阳紫外线质量最好的阶段，所以秋施基肥尽量不选用生物菌肥；
3.高浓度化肥对菌肥里的微生物有毒害作用，所以两种肥料混用，化肥用量不能过大，尤其不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
土壤中有足够的有机物或腐殖质被生物活性菌利用，才能使土壤微生物快速繁衍，进而产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，最终给作物提供更多养分。如果土壤的生物结构不合理，尤其是缺乏有机质，单纯补施生物菌肥，肥效将大打折扣。所以提倡施用微生物菌肥时和有机肥合理搭配。
