在贮藏、运输和销售过程中，果品受微生物侵染而造成的病害。主要有真菌、细菌和病毒的侵染，按侵染途径可大致分为2类：①发芽孢子由果实皮孔甚至角质层侵入果实，病原菌为真寄生菌，所造成的病害有苹果炭疽病，轮纹病等。②发芽孢子由伤口侵入果实，病原菌为伤部寄生菌，所造成的病害有青霉病，柑橘的青、绿霉病，苹果、梨的褐腐病等。 青霉病：又称水烂，是苹果、梨、葡萄、柑橘等多处水果在贮藏期最常见为害最重的传染性病害。青霉、绿霉病是柑橘的主要病害，青霉病的病原为PenicilliumitalicumWehmer,柑橘绿霉病的病原为PenicilliumdigitatumSacc.。 褐腐病：苹果、梨、桃等在贮藏期间发生的重要侵染性病害之一，病原菌分有性世代(SclerotiniafrucfigenaAderh.)和无性世代(MoniliafrucfigenaPers.)病果果肉松软，呈海绵状，略有弹性。此病发展，在适宜条件下果实染病后几天之内就会全部腐烂。
苹果炭疽病：亦称苦腐病，是世界苹果产区危害果实的主要病害之一。病原菌的子囊阶段称为Glomerellacingulata(Stone).,无性阶段为GloeosporiumfructigenumBerk.。病原孢子发芽中自皮孔或角质层侵入果肉，多在成熟期或贮藏期发病。
梨轮纹病：此病主要在成熟期和贮藏期发病。病菌为子囊菌纲、座囊菌目、囊孢菌属的PhysalosporapiricolaNose。
