1、病毒病：是天鹰椒的主要病害之一，该病主要是蚜虫传毒造成。受害株一般表现为花叶型、丛枝型、黄化型。花叶型：嫩叶上出现黄绿相间的斑驳，叶面凹凸不平，叶片畸形、变小。丛枝型：植株矮小，节间变短，叶片狭长，小枝丛生，但不落叶。黄化型：叶片自下而上逐渐变黄，落叶、落果。高温干燥、土地干旱、重茬地以及蚜虫发生早年份易发此病。
2、疫病：疫病属真菌性病害，是造成田间死枝、死棵的主要病害，叶、茎、果均可染病。叶片感病时产生绿色圆形病斑，边缘不明显，湿度大时病斑迅速扩展，造成叶片软腐。茎枝条感病，出现环绕表皮扩展的褐色条斑，病部以上枝叶很快枯萎死亡。茎基部常造成褐色软腐，有时覆一层白色霜层。椒果染病，形成暗褐色水渍状、不规则形病斑，很快扩展到全果，呈暗绿色至暗褐色，有的果肉和种子也随之变色，湿度大时果面长出稀疏的白色絮状霉层。高温高湿、重茬种植发病重。
3、炭疽病：常发性病害，是引起田间落叶的主要病害。根据田间症状和不同侵染源，可分为黑色、黑点和红色炭疽三种，我市以黑色炭疽为主，红色炭疽次之，黑点炭疽少见。黑色炭疽叶、果、茎枝均可感病，多为老叶和成熟果实，叶片感病出现水渍状凹陷，有隆起不规则状轮纹，密生黑色小粒点，空气干燥时，病部失水变薄，易破裂。茎枝感病，病部褐色凹陷不规则，表皮易破裂。红色炭疽病部出现的粒点多为粉红或红色。高温高湿，田间积水，密度过大，氮肥过多，有利于该病发生蔓延。
4、疮痂病：又名细菌性斑点病，主要危害叶片、茎枝、果实。叶片感病后初期出现许多圆形或不规则状的黑绿色至黄绿色斑点，有时出现轮纹，病部不整齐隆起，呈疮痂状。茎枝感病后呈不规则状条斑或斑块。果实感病后出现圆形或长圆形墨绿色病斑。
5、日灼病：主要发生在果实上，为强光引起的生理性病害。通过合理密植、间作高秆作物可预防病害发生。
6、虫害：危害天鹰椒的主要虫害有蚜虫、棉铃虫、甜菜夜蛾、菜青虫等，6月下旬―9月上旬均可发生，以7―8月份危害较重。
综合防治
1、加强田间管理
实行轮作倒茬或与玉米间作种植，可有效减少病虫危害。施足底肥，增施钾肥，增强植株自身抗病能力。雨后注意及时排水、中耕、除草，创造不利于病害流行条件。
2、药剂防治
病毒病：早期要及时防治蚜虫，可用10％吡虫啉1500倍液喷雾。发现病情及时喷施20％病毒A可湿性粉剂400倍液或1.5％植病灵乳剂500倍液，隔7天一次，连防2－3次。
疫病：在发病初期及时用药，75%百菌清可湿性粉剂600倍液、64％杀毒矾可湿性粉剂400倍液、72％克露800倍液、70％代森锰锌400倍液，间隔7―10天，连防2－3次，可有效控制病害流行。
炭疽病：75％百菌清600倍液、70％甲基托布津400倍液、80%炭疽福美600－800倍液，隔7－10天喷一次，连防2－3次。
疮痂病：发病初期及时喷药保护，常用药剂72％农用链霉素或新植霉素3000－4000倍液，隔10天一次，连防2－3次。
棉铃虫、甜菜夜蛾、菜青虫：百株虫量达10头及时防治。52.25％农地乐1000倍液、高效氯氰菊酯与辛硫磷1：1混配1000倍液，进行喷雾。
