这是在进行消毒浸种以后，为了加快种子萌发所采取的技术措施。催芽过程主要是要满足苦瓜种子萌发所需要的温度、湿度和通气等条件，以促使种子中的营养物质迅速分解运转，供给幼胚的生长需要。苦瓜催芽常采用恒温催芽法和变温催芽法两种方式。
恒温催芽法简单易学、采用普遍，但容易出现发芽偏慢且不整齐现象，需要多次捡芽播种。催芽时把浸种后的种子捞出并稍晾干，用多层潮湿的棉布或毛巾包好，置于30-33度条件下催芽（可利用恒温箱、电褥子、电灯泡或电热线配合控温仪等措施），催芽过程中每天要把种子和棉布用清水投洗一遍，防止发霉。一般经30小时开始发芽，3天可以达到60%以上的发芽率。
变温催芽法有出芽快且整齐的优点。催芽时先将浸种后种子搓洗干净，稍晾后装入潮湿纱布袋（或棉布袋）中，然后整个装入种子体积20-30倍的塑料袋中，扎严袋口，每天放于33-35度条件下10-12小时，25-28度条件下12-14小时。要求维持塑料袋内壁凝聚小露珠，每天松开袋口投洗种子一次，发现出芽种子也要及时选出。用此法催芽一般经3-4天可几乎全部出齐。
另外，为了增强苦瓜和幼苗的抗寒能力，可以把催芽过程中刚刚萌动（裂嘴）但还未吐出胚根的种子放在8-10度条件下12小时，然后再放置在23-25度环境下12小时。这样进行变温处理3-4天，再进行播种。采用这种变温处理方法，能够促进早熟，提高前期苦瓜产量。
