传统豆芽菜培育过程中最常见的病害有红根、腐烂等。对豆芽菜的病害应采取以防为主的策略，调节和控制好水分、温度、气体等栽培环境，严格进行种子处理和防烂消毒工作。首先要认真进行培育环境管理，减少由于培育环境不良而引起病害的机会，并提高豆芽菜本身的抗性。其次要严格筛选种子，剔去瘪粒、破粒、霉烂或已发过芽的种子，因为无生活力的种子极易腐烂并成为传染源。第三要认真对种子和发芽容器等做好消毒工作。将浸种完毕的种子，用0.1％漂白粉溶液浸泡、搅拌10min(分钟)或用3％石灰水(无渣滓)浸泡、搅拌5min(分钟)，再将种子捞出，用清水冲洗干净。发芽容器等生产用具可用石灰水浸泡1h(小时)，然后用清水冲洗干净。覆盖物等可用开水煮烫或在日光下暴晒。第四要保证喷淋用水的清洁，一般不要用池塘、河流作水源。此外，当连续发生严重烂种烂芽时，必须对生产场地实施全面、彻底的消毒，用硫磺粉等进行熏蒸，密闭房室，经12h(小时)后打开门窗或通风口通风。消毒进行时需停止生产或将芽苗暂时移往他处。
