常规木瓜育苗过程中不移苗，采用每个育苗杯播种子2～3粒，成苗后再选留最壮的1株，种子的利用率很低。现采用育苗前期移苗，确保每株苗都能生长成壮苗，提高种子利用率，可达到90%～95%，同时可剔除病株，有效地防止交叉染病。其技术要点是：穴盘育苗基质要疏松，营养杯基质要透气且凝固，定苗时要保护好根系，不能受大的伤害。
1 配制育苗基质
1.1 穴盘育苗基质配制
塘泥经粉碎筛选至小于0.5cm的颗粒，再与经堆沤2～3个月的菇渣按体积比4∶6混合均匀，并配入三元复合肥10kg，加水至含水量65%～75%，堆起密封15天待用。育苗穴盘规格：聚苯乙烯穴盘（规格：72cm×20cm×7cm，4.5cm×4.5cm的方锥孔）。
1.2 营养杯泥配制
用透冰、透气性良好，略带沙的黄土或墙泥，每1立方米加乐田精致有机肥40kg、三元复合肥8～10kg、石灰15kg、70%甲基托布津80～100g和除草剂拉索100g，混合均匀堆沤15天待用。营养杯规格：高10～12cm，直径7～9cm（底部及侧面留排水孔）。
2 基质装盘和装杯
将穴盘基质装入穴盘空穴中，待用。
将营养杯泥装入营养育苗杯或近似的塑料袋中，装泥约3/5杯，待用。
3 催芽播种
将待播木瓜种子用温水（18～25℃）浸种1h，捞起，再用50%多菌灵500倍液浸泡10～15min，捞起用清水冲洗2～3次，再浸种12h，捞起、晾干，用经消毒的湿毛巾包好，置于30～32℃的恒温箱内催芽。经72h左右，种子开始陆续露白，即可将露白的种子播入穴盘中，每穴播种3～4粒，连续播种4天；剩余没有出芽的全部播下，每穴播种5～6粒。每次播完种覆厚1～2cm薄土，盖网纱，淋透水。
播种后，保持泥土湿润，忌干燥。待出苗后，淋1次50%多菌灵800倍液，不施肥，保持泥土湿润，此时每穴有苗1～4株。
