平菇抗杂菌污染能力虽然很强，但是生产上多采用生料栽培，许多杂菌往往在高温、多湿、偏酸性及通风不良的环境中大量繁殖，泛滥成灾，导致减产或绝收。为害平菇常见的杂菌有青霉、木霉、毛霉、根霉等。必须采取综合防治措施，避免杂菌污染。
1．适时栽培，适时播种低温不利于霉菌生长，所以要选择低温条件下播种。春季播种期可适当提前，秋季适当推迟。从理论上讲，平菇菌丝生长最适温度为25℃，这对灭菌培养基是合适的，但生料栽培时，要避开霉菌适生的温度（25℃～30℃）。实践证明平菇菌丝在气温20℃以下生长也很快，在低温条件下播种更安全。
2．杜绝杂菌污染源培养料必须选择新鲜、干燥、无霉变、无虫害的。配料之前在烈日下充分暴晒2～3天。
3．选用优良、健壮的纯菌种播种时可用手轻轻地把菌种掰成玉米粒大小的块，勿用手搓碎，以免损伤菌丝，保证菌丝恢复快，生活力强，发育好。
4．适当加大播种量主要是加大培养料表层的播种量，可使平菇菌丝迅速生长发育，提早布满培养料表面。这也是预防霉菌入侵的有效措施。
5．播种后控制好棚温和料温 因霉菌繁殖的适温是25℃～30℃，管理时要控制棚温不超过22℃，培养料内的温度不超过25℃，使霉菌无可乘之机。高温季节培养料的厚度要适当，不宜过厚，以免高温为害。
6．培养料含水量要适当一般要控制在60％～65％之间。拌料时料水比以1∶1．3～1．5为宜。过干过湿对平菇菌丝生长均不利。培养料过湿，通气不好，是霉菌侵染的重要原因。
7．调好培养料酸碱度霉菌喜酸性（pH5～5．5），所以配料时可加入1％石灰粉，使培养料pH达6．8～7。这样既可抑制霉菌生长，又可增加料中钙元素，有利于平菇菌丝生长。
8．用药剂防治市场上常见的多菌灵粉剂有25％和50％可湿性的，可用0．1％～0．05％浓度的药液拌料，能有效地抑制杂菌污染；克霉灵、洁霉精防杂菌效果也好。
9．用石灰粉防治杂菌怕碱，如培养料面出现绿霉菌、链孢霉等杂菌时，可在培养料面撒上一层0．2～0．3厘米厚的石灰粉。撒粉面要大于污染面，霉菌杀死后，料面仍可出菇。
