母种在分离或转管过程中，需要防止杂菌污染。被霉菌污染时，一般初为白色菌丝，菌丝纤细，颜色发暗，2—3天后出现黄、红、绿等杂色斑点，比较好识别。而被细菌、酵母菌污染时，由于它们没有菌丝，是单个细胞分裂繁殖，因此，污染严重时，在试管中可发现其菌落隆起，表面光滑，不透明，似蜡烛油状。转接母种中的细菌菌量不多时，食用菌菌丝和细菌能同时生长；因细菌很小，杆菌和螺旋菌只有0.1一0.2微米，而食用菌的菌丝较粗，当细菌在竞争中不能形成菌落时，不易被肉眼发现，从而会造成母种的隐性污染。随污染的程度不同，对食用菌母种长满试管的时间及母种的健壮程度都有不同的影响，特别是用作转接液体菌种影响更大。
预防和纯化母种的办法是：制作母种时，棉塞要松紧适度，接种要严格进行无菌操作。在生产中如发现菌丝生长缓慢、菌丝无原因地受阻，要立即淘汰。
