清洁是将养殖环境中不该存在的微生物及其生长条件清理掉，清洁在养殖过程是必不可少的，不论是发酵床还是水泥圈舍都应定期进行。消毒是将环境中的病原微生物尽可能全部杀灭。对于动物生存的环境来说，其周围存在一定的微生物是非常必要的，适量的微生物对于保持动物免疫系统的警觉状态是非常有利的。
而过度消毒，一是大量化学药品进入环境，会造成更为严重的环境污染，对动物生存环境也造成极大破坏；二是环境中微生物因过度消毒而减少，使动物机体免疫功能逐渐退化，反而会造成更大问题。在日常生产中，我们要强调清洁和卫生；发生重大疫情威胁时，我们要强调消毒。在生产过程中，清洁比消毒更重要，日常清洁，每天都要做。
采用金宝贝干撒式发酵床养猪，垫料中加入的有益菌能迅速降解粪尿成为猪能采食的菌体蛋白、微量元素等，再加上金宝贝菌种占绝对数量优势，有害菌得不到所需营养而受到抑制，同时大部分病原菌不耐高温（通常40℃以上就很难存活），垫料发酵过程产热使垫料表面温度升高，冬季达到17-18℃，核心层温度在60℃左右，可对各种寄生虫、细菌、病毒起到杀灭或抑制作用。所以平时在发酵床上消毒没有实际意义。但遇到大规模流行疫病时，全场仍可正常消毒，不影响发酵床的运行。且对发酵床定期进行清洁是非常重要的，清洁包括掩埋粪便、清理水槽和食槽、清扫走道等。
