1、引起菌群失调，二重感染。在我们人体的开放部位，比如皮肤上、肠道中、鼻咽部等，存在着许多不同种类的细菌，在正常情况下，相互制约处于一个平衡状态，人体对这种状态是适应的，不会发生疾病，但当长期使用某种抗生素后，其中的某类细菌被杀死，而另外的细菌在没有制约的情况下，就会大量繁殖，生长，引起人体的感染，这种感染也叫二重感染。
2、会使细菌产生耐药性。当药物作用于细菌时，细菌会自卫、防御、反击，最后的结果就是对抗生素产生抵抗力，也就是产生了耐药性。如果我们滥用抗生素，有那么一天，环境中存在的致病菌有可能都是耐药的，人体感染的都是耐药菌。细菌产生耐药性的速度远远快于我们新药开发的速度，结果是人类将重新面临很多感染性疾病的威胁。比如结核病是结核杆菌引起的传染病，很多年前结核杆菌对抗生素很敏感，结核病控制得非常好，但是，现在耐药的结核菌多了，治疗起来非常棘手，这不但引起人体死亡率的增加，同时也增加了治疗成本，造成严重的社会负担。
3、药品本身的不良反应。抗生素进入人体之后，发挥治疗作用的同时，也会引起不良反应，药物越多，引起不良反应的机会就越高。我们国家的药物不良反应三分之一是由抗生素引起的，抗生素的种类比较多，引起的不良反应或者是严重的不良反应涉及身体的每一个系统，如庆大霉素长期使用会造成肾脏损害，四环素大量使用会造成肝脏损害，儿童长期使用还会影响牙齿和骨骼的发育等等。
