棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、枯黄萎病等病害，病害特征及防治方法为：
立枯病
症状：棉籽受害，造成料籽和烂芽；幼苗茎基部受害，出现黄褐色。水渍状病斑，并渐扩展围绕嫩茎，病部缢缩变细，黑褐色、湿腐状，病苗倒伏枯死。子叶受害，多在中部发生不规则形黄褐色病斑，易破裂脱落成穿孔。
防治方法：在苗期阴雨连绵，棉苗根病初发时，及时用40％多菌灵胶悬剂或65％代森锌可湿性粉剂500-800倍液，隔1周喷1次，共喷2-3次。
炭疽病
症状：棉籽和幼芽受害，变褐腐烂；棉苗受害，幼茎基部初呈红褐色斑，渐呈红褐色凹陷的梭形病斑，病重时斑包围茎基部或根部，呈黑褐色湿腐状，棉苗枯萎而死。子叶受害，叶缘产生褐色半圆形病斑，病斑边缘紫红色。
防治方法：在苗期阴雨连绵，棉苗根病初发时，及时用70％托布津或15％三唑酮可湿性粉剂800-1000倍液喷洒，隔1周喷1次，共喷2-3次。
枯黄萎病
症状：枯萎病有黄色网纹型、黄化型、紫红型、青枯型等症状，叶片似蛤蟆皮下卷。黄萎病有黄色斑驳，急性萎蔫和紫红斑驳等症状，叶边缘上卷，5月下旬至7月上旬，是第-次发病高峰，8月下旬至9月下旬，是第二个发病高峰。两者都造成棉株维管变褐，严重的造成大量死苗、病苗。
防治方法：每亩用顽病立克2支加乐健2支加稼丰快绿1袋对水两桶喷雾，喷雾时药液要滴入根部；重病田除采取棉株上部喷雾外，还要采取下灌，即每亩用棉枯特50毫升对水30公斤对病苗实行灌根。严重田块隔7天再补治-次。
