抗虫棉是常规棉花品种导入Bt抗虫基因后，从分离后代中通过连年定向选择而成，在正常条件下其抗虫基因能得到较好的表达，有较强的抗虫能力，但抗虫棉并不是无虫棉，仍需因地制宜进行防治，否则也会造成危害。一、抗虫棉的国家标准。国家对是否是抗虫棉和抗性分级有以下规定，一是毒蛋白含量标准，棉田随机取棉株顶部第二、三片真叶化验其毒蛋白含量，200以上为抗虫棉，400以上为高抗；二是二代棉铃虫蕾铃被害减退率标准，在不用药剂防治的情况下抗虫棉比常规棉的蕾铃被害减退率达50%～60%为抗级、 60%～80%为高抗级；三是三代棉铃虫室内养虫试验死亡率标准，采集棉株顶部第二片真叶进行养虫试验，幼虫校正死亡率40%～60%为中抗、死亡 60%～80%为抗级、死亡80%以上为高抗。四是田间抗虫株率的标准，采取田间随机取样，抗虫株率达90%以上确认为抗虫棉，95%以上则达高抗级标准。由此可见，抗虫是相对的。二、抗虫棉抗虫表现不佳有原因。在一般情况下抗虫棉的抗虫基因能够得到充分表达，对棉铃虫有较强的抗性，但受外界环境条件的影响，有时抗虫基因不能充分表达，从而使抗虫能力减弱或丢失，造成的主要原因有：一是品种变异，由于抗虫棉的选育多采取杂交、转育等方法育成，因此一般后代都有分离现象，加之棉花有3%～5%的自然串花现象，再加上高温、干旱等因素的影响，很容易使田间出现不抗虫单株。二是品种退化，抗虫棉品种选育后，如果不连年进行选择和提纯复壮，就会发生退化，抗虫能力减退。三是气候和栽培条件的影响，在正常气候和栽培条件下抗虫基因能够很好的表达，但在高温、干旱，或由于营养失调发生徒长的情况下，抗虫基因表达不佳或沉默，从而降低或失去抗虫性。三、棉株各器官的抗虫能力不同。通过科研单位鉴定棉株各部器官的抗虫性强弱顺序是：嫩尖大于嫩叶，嫩叶大于老叶，叶大于蕾，蕾大于花。棉花蕾和花的抗虫能力较差，所以，虫卵如果产在蕾和花上，棉铃虫就容易存活下来，对部分棉株造成危害。四、容易产生抗性棉铃虫。由于抗虫棉的长期种植和单一推广，受自然选择法则的影响，容易产生抗性棉铃虫，抗虫棉对抗性棉铃虫降低或失去抗虫效率。综上，抗虫棉并不是无虫棉，仍需在棉铃虫发生期间及时进行田间检查，一旦达到防治指标就要抓紧防治，否则错过防治关键时期就要造成不同程度的危害。如棉田发现个别不抗虫的分离变异株可拔除，以防在此棉株上长大的棉铃虫转移到相邻棉株上危害。棉铃虫防治的关键时期在产卵高峰期过后三天，在幼虫孵化盛期进行；二代棉铃虫的防治指标，百株落卵量20粒以上，百株三龄幼虫5头以上要立即进行防治，一般防治1～2次，大发生年防治三次；三代棉铃虫百株落卵量50粒以上、三龄幼虫10头以上就要立即防治，一般防治2～3次。
