一般根据荚果的颜色和种子含水量确定收获时间，大面积的种子田的收获方法有两种，即刈割后草条晾晒干燥，然后脱粒或联合收割机直接收获。前者适于杂草较多、种子成熟晚或叶面露水多的种子田，当目测田间有2/3-3/4的荚果变为褐色时进行刈割，晾晒到叶片水分含量降低到12%～18%时进行脱粒，最佳管理水平条件下收获过程中种子的损失不超过5～10kg/hm2。但收获期遇到大风天气，种子的损失率可达50%以上，因而大风天气频繁发生的地区以联合收割机直接收获为好。
联合收割机直接收获前3～10天需要用接角性除莠剂如敌草快（Diquat)、草铵磷（Glufosinate)和敌草隆等进行干燥处理，荚果的含水量降低到10%～20%时收获。直接收获的优点是可以等到几乎所有荚果都成熟再收获，但收获太晚种子的落粒损失相应地增加，管理水平较高时种子损失在5～20kg/hm2。用0.95kg/hm2的敌草快和草铵磷做干燥处理的效果相同，当田间60%～75%的荚果变为褐色时喷施除莠剂后收获种子产量最高。
用脱粒机或联合收豁的脱粒效率与种子的含水量有关，并且取决于脱粒滚筒速度和凹板的间隙，如果脱粒滚筒速度过快或凹板的间隙太小容易造成种子的机械和生理损伤，从而降低种子的发芽率，这种情况在苜蓿完全成熟后更为严重。因此在脱粒或田间联合收割机收获前必须调试机器，以保证种子不受损害。此外完熟期降雨对紫花苜蓿种子产量的影响很大，仅5mm的降水量即可对产量造成很大的损失，10～20mm的降水量种子产量的损失可达75%以上，同时降雨地种子的发芽率和质量产生负面产影响，因此收获必须选择在没有降雨的时期。
