根据多年来的实践，在种子采收及加工过程中按照以下几个步骤操作，可确保质量达到国家标准，即：净度99%，含水量低于8%，种子无粘连现象。1、采种：黄瓜人工授粉后40天左右，瓜皮变黄即可采收，父母本分开采种，将种瓜从有种部分剖开，扒出种子，量多时放在编织袋内，扎上袋口；量少时放入非铁容量(忌用铁器)；挤碎瓜瓤，留适量种液准备发酵。2、发酵：常温下发酵24小时左右，不能被雨水冲淋，忌倒入清水，其间可定期搅动，阴雨天时可根据天气情况决定是否淘洗。3、淘洗：种子发酵后，淘洗是关键，将种子倒在瓷盆或塑料桶内，不久，种子就分成三层：瓜瓤、叶子等杂质浮在上层，可捞出；中层为秕籽和杂质的混合物；饱满种子沉在底部，。将上层倒出后，不搓洗清淘，直至种子无粘结块，无其它杂质。4、晾晒：淘洗后的种子及时晾晒，晾晒处要求平整、干净，将种子摊薄，并定期翻身，直至晾干。干种子手感扎手，折断种子不连皮。5、初选：晒干的种子要及时进行加工。首先，用手不断搓种子，直到种子粒粒分开。其次，用筛子筛，用簸箕簸，清除杂质。6、精选和包衣：种子初选完成后，再用良种精选机进行精选，选出来的饱满种子，用种衣剂进行包衣、晾干至含水量8%以下，即可进行种子包装、销售。
