一、褐腐病，又称疣孢霉病
1、症状：初期其颜色较正常菇暗淡，无光泽，菇盖表面凹凸不平，以后病菇上长出一层白色绒毛状菌丝体和分生孢子，后期病菇上出现透明的暗褐色液滴，并伴有腐败的臭味，最后病菇坏死，且呈湿腐状。
2、温度较高，湿度大时大量传播。
3、防治方法：病菌对甲醛敏感，37%±1浓液加10倍水连续喷2-3次病区，可有效防治。
二、褐斑病，干泡病
1、症状：小菇或大菇形成一团干瘪的灰白色菌块，分不出菌盖或菌柄，质地较干，无臭味，不腐烂。
2、15~18℃度时最易发病，通风不良易大面积发生。
3、防治方法：初期可喷2%浓度的甲醛溶液，面积大时可喷百菌清、代森锌、多菌灵或施保功(sporgon)等效果很好。
三、蘑菇菌盖斑点病，黑斑病
1、症状：病菌侵染蘑菇后，初期菇盖表面凹凸不平，后出现圆形或不规则的斑点，最后染病部位凹陷。
2、发病菇一般可食用，商品价值低，不能出口。一般春季4~5月份发病最多，全国各地每年均发生，严重时造成减产或绝收。
3、防治方法同褐斑病。
四、细菌病害、病毒病害
一般温度高、通风不良容易产生，症状和真菌病害外观相似。防治方法以2%甲醛喷施，或用农用链霉素效果较好。
五、线虫病害
1、线虫危害后，菌丝萎缩，继而培养料开始发黑，一般降产或绝收。线虫一般有两种，一是寄生线虫，二是腐生线虫。
2、据调查，上海郊区10个春菇房，线虫发病率达100%，每克培养料线虫数量最少为82条，最多达1132条，其中小杆线虫最多。线虫繁殖快，发生数量大，危害严重，对蘑菇产量影响较大，尤其是春菇产量高低往往与线虫多少有关。福建有的菇房由于线虫的危害而减产达70-90%。
3、发生规律：堆肥线虫完成一代生活史在18℃、28℃时分别为10天和8天，25℃时繁殖速度最快，6个星期可增殖10万倍。
4、防治方法：预防为主，综合治理，菇床一旦发生后就很难根治。一是采取二次发酵，春菇棚要采用高温闷棚杀虫，甲醛液喷雾处理，溴甲烷熏蒸效果较好。
