辣椒青枯病的病菌存活较长时间，主要通过植株茎部的伤口侵入，移植、松土等农事操作，以及昆虫等伤害造成的根部伤口都可引起土壤中细菌侵入，在高温高湿条件下繁殖迅速。防治辣椒青枯病需要遵循以下几个原则。
一、实行三年以上轮作
青枯病可为害多种茄科作物，凡前作是番茄、茄子、辣椒的，均不宜种辣椒。
二、注意排水
青枯病菌可随水流传播，应用高垄窄畦栽培，注意及时排水，畦内不能积水。
三、整枝、松土、追肥
应在发病期前完成，发病以后，特别注意不能松土锄草，如有杂草，只能用手拔除，以免伤根。
四、发现病株，及时拔除
穴内及邻近土壤喷洒护树将军杀菌消毒，防止蔓延。
五、提早播种
青枯病一般6月上中旬发生，为了避免发病高峰期与结果盛期相遇，可提早播种。
六、选择排水良好的沙壤土栽培
土壤深翻后喷洒新高脂膜800倍液，给土壤消毒，保温保墒，有利于种子萌芽生长。
