降低菇房温度和湿度，加大通风量，并用草木灰覆压霉菌处，防止霉菌孢子飞扬传播。
先用3%的来苏儿溶液或3%的甲醛溶液室内喷熏，再用1%的高锰酸钾溶液清洗霉菌处。在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，喷水于霉菌外围。
取生石灰9份、多菌灵1份与适量水混合洗刷霉菌处。用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，补上新料。用1∶200克霉灵溶液注射料袋内的绿霉或洗刷床面绿霉。
用1∶800苯菌灵溶液喷洒料袋霉菌处。在霉菌处涂刷95%的酒精或煤油，点火烧掉，然后挖除，填补新料。用3%的来苏儿溶液喷洒霉菌处，洗擦工具后将霉菌挖掉，每挖1次将工具洗擦1次，挖除后填补培养料和菌种。
此法可彻底根治晚期霉菌。生料栽培时，每100公斤培养料中添加克霉灵100克，可彻底根除霉菌。
