1、叶面喷施钙、硼肥。在番茄果实膨大期，选用含有较高浓度的钙、硼肥，每亩地喷3喷雾器肥液(每喷雾器能装肥液15千克)，每喷雾器水加入硼肥50克+钙肥150克混匀喷雾。为提高肥料的利用率，宜在下午4～6点进行喷施，7天之后再喷施1次，可起到很好的预防效果。对于有轻微脐腐症状的番茄，在喷施叶面微肥的同时，加入百菌清或多菌灵等广谱性杀菌剂，可预防其他病害的发生。对于脐腐病症状严重的果实，及早采摘处理，并对没有发病的嫩果及时喷施硼、钙肥预防。
2、平衡施肥。番茄在果实膨大期施用追肥或冲施肥时，避免选用高钾肥。最好选用氮、磷、钾三元素比例均衡(1：1：1)的复合肥，避免土壤中浓度较高的钾元素影响对钙元素的吸收。应增施有机肥，加强土壤的透气性，改善植株根系的吸收环境。把土壤的pH值调节至中性，对酸性土壤要及时补充石灰质肥料，尽量避免连作。
3、抗旱排涝。夏季常会遇到高温干旱或暴雨天气，如土壤过干或过湿，就会影响根系对钙元素的正常吸收，也容易诱发此病，应当保证土壤见干见湿为好。遇到干旱天气要及时浇水，遇降大雨要及时排出田间积水。
