该病是由细菌引起的，病原菌为水稻黄单胞菌。初侵染源主要是病草和病谷，细菌经水流传播到秧田，引起秧苗发病。早稻秧苗感染后往往不表现症状，成为带菌苗。晚稻在三四叶期就可表现症状。秧田期淹水，秧苗期淹水，秧苗被感染的机会增多，淹水没顶次数越多，时间越长，秧苗带菌率越高。当带菌苗或显症状的秧苗移栽到大田后，到分蘖末期稻株抗病力降时开始发病，成为中心病株。以后又在病株的病部产生大量的菌脓，借灌水和暴风雨传播，不断进行再侵染，使病害在田间不断扩大蔓延。
台风或洪涝灾害容易造成白叶枯病暴发流行。偏施氮肥，深水灌溉，特别是受淹的情况下发病严重。受淹时间越长，次数越多，发病越重。串灌、谩灌致使病原菌随水流传播，扩大危害。品种之间的抗病差异明显。稻株抗病力一般在分蘖末期开始下降，孕穗、抽穗阶段最易感病。气温在26 -30°C ，相对湿度在90%，多雨、日照不足、风速大的气候条件下，都有利于病害的发生流行。
