3月17日，针对江西媒体报道的关于江西南昌中山路一店在门店营运中出现的一系列问题，周黑鸭在微信公众号发布说明称，出现不规范运营的问题均为门店基础管理落实不力，主要责任在管理层。业内人士认为，在经过了沽空机构的两次质疑后，周黑鸭又被曝出店面不规范运营的问题，对周黑鸭而言可谓是雪上加霜。
周黑鸭在情况说明中表示，员工行为违反了公司内部管理制度，说明周黑鸭管控流程和制度没有从根本上让顾客获得更好的体验。周黑鸭将以此为戒，重新梳理内控流程，派驻专人针对江西南昌区域所有门店进行全面彻查，并对全国所有门店排查。
近日，江西媒体报道称，周黑鸭江西南昌中山路一店在门店存在出售临期产品、擅自试用无健康证应聘新人以及不规范售卖产品、不规范清洁和使用售卖设施、不规范记录营业日志等问题。
在情况说明中周黑鸭还表示，基于产品工艺和特性的不同，周黑鸭部分产品保质期为7天，为保证顾客的消费体验，公司内部规定在产品出厂5天内必须完成销售，并通过系统设置了销售管控提示，同时对于违反规定的销售行为设置处罚考核措施。该措施确实对门店员工的服务意识和服务技能提出了更高要求，但报道中员工行为也已经严重违反了公司内部管理制度。虽然未售卖过期产品，但事实证明周黑鸭的此项管控流程和制度并没有从根本上让我们的顾客获得更好的体验，相反还造成了顾客的困扰。
之所以周黑鸭备受关注，与数日前沽空机构Emerson Analytics连发两份报告质疑周黑鸭店面运营情况有关。近日，Emerson Analytics发布报告称，周黑鸭河南及江西的店面存在销售量“被增长”28%的情况。有的店面存在销售员在10秒内需完成8个操作步骤，以及1个POS机8分钟内生成了36张“取消交易”销售单情况。
Emerson Analytics认为周黑鸭有夸大销售量的嫌疑，2018年，周黑鸭纯利只有2.55亿元，而不是如周黑鸭公告中所称的只下滑30%。
对于Emerson Analytics的质疑，周黑鸭表示，已刊发的年报和半年报无任何迹象表明收益及溢利与现金及债务状况存在不匹配的情况，沽空机构对周黑鸭的运营模式不理解，才导致的误会。
2019年1月30日，周黑鸭发布盈警公告，预期2018年全年净利润将较2017年同期下跌约30%左右。对于下降原因，周黑鸭表示，“公司2018年度原材料成本上升，门店经营利润率下跌。从2018年4月起，河北周黑鸭食品工业园有限公司投产折旧及能耗成本上升”是净利润下滑的主要原因。
业内人士认为，结合最近周黑鸭的各种事件与周黑鸭的业绩情况，周黑鸭门店管理确实存在问题，根本原因则在于行业竞争压力，周黑鸭门店的盈利情况下滑，各个门店为了保证利润，开始压缩成本，导致门店出现上述问题。
数据显示，周黑鸭直营店的毛利率从2016年开始下滑，从当年的62.32%下滑到2017年的60.39%。
