简单地说，杀菌剂是对病原微生物具有毒杀作用的化合物。但“杀菌”一词涵义并不仅限于“杀死”病原微生物生长或孢子萌发两层含意。能够把病原微生物杀死的杀菌剂起杀菌作用，能抑制病原物孢子萌发或生长的杀菌剂起抑菌作用，这两种作用都可以在农业生产上达到防病和治病的目的。杀菌剂的作用方式不同，使用方法也各异，但从根本上来说，杀菌剂防治病害的原理不外乎三种，即化学保护，化学治疗和化学免疫。
化学保护就是在植物未患病之前喷洒杀菌剂预防植物病害的发生。有“未见兔子先撒鹰”的意思。常见的杀菌剂中有些杀菌剂只有保护措施一般有两种：一是在病原菌的来源处施药清除侵染源，病原菌的来源主要有病菌越冬的场所，中间寄主和土壤等。通过施用杀菌剂消灭或减少侵染源的目的就是要减少病原菌对作物造成侵染的可能性。例如冬季清除果园内杂草，消灭越冬病菌；种菌消毒和土壤消毒等具体手段都属此类化学保护措施。二是在田间生长着的未发病而可能被病原菌侵染的作物体上喷洒杀菌剂，防止病原菌侵染。作物表面喷上杀菌剂以后就可以对前来侵染作物的病原物细胞或孢子起毒杀作用。为防治土传病原菌对作物的侵染，在播种前用杀菌剂处理作物种子或在移栽前使用杀菌剂处理幼苗根部都属于此类措施。
