１、 药害问题
一些植物对重金属离子比较敏感，铜制剂和三苯醋锡等重金属化合物会引起叶片褪绿、叶缘枯黄，严重时引起枯斑和植物组织坏死。代森铵和硫磺、福美双剂量过高或遇高温也会引起黑点或枯斑等症状的药害。
２、 防治效果差或无效
目前在生产上使用的效果差或基本无效的农药杀菌剂有3类。一是企业或经销商自行“研究开发”加工生产而根本没有经过试验登记的杀菌剂。二是一些与登记的防治对象不符或含量不足的农药杀菌剂。如将一些登记用于防治蔬菜病毒病的药剂用于水稻等其他作物，或扩大应用到不能防治的对象。三是实际无效或效果较差而蒙混获得登记的农药杀菌剂，如国内外研究证明对卵菌病害无效的苯并咪唑类杀菌剂，有登记用于防治黄瓜霜霉病的多菌灵磺酸盐、丙硫多菌灵等；对霜霉病菌只有很低活性的福美双单剂或与无效的多菌灵等复配剂则有近90个产品登记用于防治番茄早疫病。此外，防治病毒病的药剂及一些诱导寄主产生抗病性的药剂，其效果往往受植物生长状况和环境的影响，而常常表现无效或效果极低，这类药剂的使用方法和效果值得我们进一步研究和重新评价。
３、 次要或偶发性病害再猖獗
随着苯并咪唑类杀菌剂蝗长期使用，在栽培感病品种的情况下，由交链孢引起的病害如番茄早疫病加重。设施栽培的蔬菜用药水平高，土壤中的微生物群落改变可能是根结线虫为害加重的重要原因之一。
４、 抗药性
单一作用机制的专化性农药杀菌剂连续使用引起抗药性病害流行。如蔬菜霜霉病菌对对甲霜灵，炭疽病菌、灰霉病菌对苯并咪唑类、二甲酰亚胺类、苯胺嘧啶类农药杀菌剂，白粉病菌对苯并咪唑类、ＥＢＩ类杀菌剂等很容易产生抗药性。
