除草剂在使用时，具有一定的选择性，有的除草剂选择性不强，但可利用除草剂的某些特点，或利用农作物和杂草之间的差别，如形态、生理、生化、生长时期，遗传特性等不同特点，达到除草剂的选择性。还可利用施药时间和农作物栽培的时间差，达到除草剂的选择性。除草剂的选择性可分为以下几种：
位差选择
土壤处理用的除草剂，主要是通过杂草的根系或萌发的幼芽吸收而杀死杂草的，但是根系在土壤中分布的深浅有差异，播种的深度和种子发芽的位置也不一样，这种位置上的差异选择，叫位差选择。例如溶解度小而吸附性强的除草醚、拉索、敌草隆、利谷隆等除草剂，易吸附地表而形成药膜层，杀死表土层0-2厘米处的小粒种子的杂草，而对玉米、棉花、大豆等农作物安全，原因是这些农作物播种深度5厘米左右，根系分布也深。具有挥发性的除草剂氟乐灵、燕麦敌、燕麦畏等，喷洒于土壤后，形成较深的药土层，才能发挥除草效果，因而用药后必须混土，混土的深度要比播种深度浅，杂草被杀死，对深根农作物安全。
生育期选择
农作物在不同生育期，对农药的抗性不一，对除草剂的敏感程度也有差别。在一般情况下，植物在发芽或幼苗期对除草剂最敏感，开花后就不敏感。例如在玉米生长后期，用克芜踪防除玉米田杂草，定向喷雾，虽难免喷在玉米下部的茎叶上，但对玉米不会造成多大药害，而对杂草防治效果较好。
人工选择
在农作物成行生长和农作物比杂草高的地里(如果树、茶园、苗圃)，或大田农作物生长到一定高度后，定向喷雾和保护性喷雾，对农作物安全，防除杂草效果良好。例如草甘膦、克芜踪接触绿色组织才有杀伤作用，在果园、橡胶园防除杂草时，定向选择喷在杂草上，树基部分不会造成药害，而却能防除杂草。
剂型选择
由于除草剂剂型的多样化，除草剂的应用范围在不断扩大。如五氯酚钠颗粒剂、杀草丹颗粒剂等，可在水稻生育期拖延使用，以避免药害。
条件选择
环境条件如土壤类型、湿度、温度等条件，是除草剂选择性的因素之一。在一般情况下，粘性土壤比沙性土壤用药量多、温度高、湿度大除草效果好，有机质含量大则用药量大，有机质含量少用药量则少。
