一、利用害虫的习性进行防治
1、喷丝性。 菌蚊的幼虫有吐丝的习性，又群居拉网，一般用丝将菇蕾罩住，很容易发现；另外其蛹有白茧，也容易被看到，对这些害虫可进行人工捕捉销毁。
2、怕燥性。 瘿蚊有幼体繁殖的习性（即一头幼虫可从体内繁殖20多头小幼虫），但瘿蚊虫体小、怕干燥。可将发生虫害的菌袋放在阳光下曝晒1～2小时，或撒石灰，则虫多干燥而死，可降低虫口密度。
3、喜水性。 跳虫有喜水的习性，对于发生跳虫的菇块可以用水诱集后消灭。
4、变色性。 有些鳞翅目（如谷蛾和夜蛾类）的幼虫老熟后身体很大，颜色也较艳丽，在采菇和管理中很容易被发现，可随时捕捉消灭。
5、趋化性。 一些害虫（如蝇科和螨科）对糖醋液有强烈的趋性，可在菇房中设诱杀盆，用白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋3.5份，再加入少量敌百虫或敌敌畏诱杀；螨对炒熟的种子香味也有强烈趋性，可用炒香的茶籽饼或棉籽饼撤在纱布上，当螨聚集于纱布上后，把纱布在浓石灰水里浸沾，螨便被杀死，连续几次，杀螨效果可达90%以上。另外，用57辛硫磷0.25千克，麦麸1.5～2.5千克，加适量水，傍晚撒于菇房周围，可诱杀蟋蟀、蝼蛄等。
二、利用物理方法杀灭害虫
1、黑光灯或粘虫板诱杀。 利用蚊蛾的趋光性可以用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在菇房灯光下放诱盆，内加0.1%的敌敌畏，害虫落人盆中即被杀死。也可以在强光处挂粘虫板，粘虫板上涂40%聚丙烯粘胶，有效期可达2个月。
2、水浸法防治害虫。 即使虫体浸于水中造成缺氧和促使原生质与细胞膜分离致死。但必须注意栽培块（袋）无污染、无杂菌，菌块经2～3小时浸泡不会散，否则水浸后菌块就会散掉，虽然灭了虫，但生产效益也会受到损失。方法是：瓶或袋栽培的可将水注入瓶或袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压以重物，避免浮起，浸泡2～3小时，幼虫便会死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋沥干水即放回原处。
3、其它方法。 在菇房门口，窗和通气口要安装60目纱网，阻止成虫入内，在地道菇房的进出口保持几十米黑暗，注意随时关灯，防止成虫趋光而入。
三、土农药防治害虫
1、用除虫菊1千克，加水200～300升喷雾，还有博落回、猫儿眼、青藤根、雷公藤、毛茛、石蒜等均能杀死为害椴木栽培黑木耳的黑光甲。
2、用半夏、野大蒜、桃树叶和柏树叶捣烂，以1∶1加入水，渍浸后取滤液喷施可杀死蚤蝇科害虫。
3、用0.1%鱼藤精或1∶150～200的除虫菊喷洒，可杀死蘑菇跳虫。另外，在菇房上撒一层除虫菊或烟草粉末，也能防治跳虫。
四、改进栽培措施
1、搞好环境卫生，清除菇房内外垃圾，有条件的可撒些石灰保持菇房周围干燥，特别是上一年的废料，一定要在种菇前2个月烧毁或深埋。
2、菌种培养室应定期检查和熏蒸，制作菌种时，用棉塞塞紧。外面包一层牛皮纸，以防害虫侵入；如菌种已发现害虫，必须经过熏蒸或低温冷冻等方法处理后，方可使用。
3、收菇后要认真清洁料面，除掉菇根及烂菇并集中深埋。
4、对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒（包括种菇用过的架子、工具等）。方法是用80毫升福尔马林倒入40克高锰酸钾进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，容积要比福尔马林大10倍以上；熏蒸时要密闭栽培室，2天后打开门窗通风换气24小时再装袋送入。也可用硫黄熏，用量为每立方米5克，密闭48小时后，再过2天进料。
5、收完3～4茬菇后，及时清除料块，并远离菇房高温堆肥发酵或喷药，避免害虫在废料中繁殖。
6、严禁新老培养块同放一菇房，以免害虫传播到新菇块中。
7、除培养料要经过蒸煮及2次发酵外，覆土材料也要经过高温或药剂处理，将害虫杀死。
8、食用菌栽培管理上要适当浇水，特别是要避免向菇体直接喷水。浇水过多，会造成菌丝和菇蕾腐烂，易滋生繁殖害虫。
另外，还要有计划地促进食用菌的健壮生长，控制害虫的大量发生与传播。
