一、保护作用。
较老的杀菌剂品种，多数以保护作用为主，需要在病菌侵入寄主之前将药剂喷洒在植物表面，要做到均匀、周到，才能起到保护植物的作用。病菌落在已受到药剂保护的页面上，孢子萌发受到抑制，或阻碍发芽的孢子入侵。碱式硫酸铜、福美双、代森锌、百菌清等都是广泛使用的保护剂。发挥杀菌剂的保护作用，要求严格掌握施药的有利时期，要在病菌即将入侵之前喷洒。如果病菌已经侵入，处于潜伏时期，用保护剂是无效的。保护剂的田间持效期一般仅有6～7天，所以，除了及时之外，还要多次施用。
二、治疗作用。
有这类作用的药剂也叫内吸杀菌剂。此类药种类多，具有内吸、传导的特点，渗入叶片表皮后能输导到同一叶片的其他部位，有的能向顶输导(叶尖端或植株顶端)，少数可以向根部输导。多菌灵、三唑酮都是这类杀菌剂。内吸杀菌剂的施用时间没有保护剂那样严格，可以在发病最初时期施用，仍然能抑制植物体内菌丝的生长、蔓延。甚至可以直接杀死。但是，如果发病情况已经偏重，可能会造成一定损失，对这种病田施用高效内吸杀菌剂也无法挽回已经造成的损失。故不要误解有内吸、治疗作用的杀菌剂是灵丹妙药，包治百病。也是需要适时施药的。
内吸剂一般杀菌剂不如保护剂，且容易导致病菌产生抗药性，故应用时更应注意。
三、铲除作用。
这类药剂直接与病菌接触，并能杀伤菌类，使它不能侵入植物体。一般不能直接施用在生长时期的植物上，有的虽然可施用，但要注意用药浓度及用量，故多用于种子消毒或处理土壤。近年来研制成的溴菌清具有消毒、防腐、杀菌等多种作用。有的杀菌剂在施用后，可以使在植物表面和其他部位的菌丝直接被杀灭，如三唑酮对小麦白粉病、锈病。在应用得当时，即表现出铲除的作用。
四、保护剂与内吸剂的作用特点。
上面已经介绍了三种作用，当前杀菌剂的主要保护与治疗作用两大类产品，由于二者间的作用差别大，又不能相互取代，目前具有保护、治疗双重作用的品种很少，故常以混有两类作用的剂型问世，取长补短，扩大了杀菌谱并兼有了保护与治疗双重作用。
