施用武夷菌素可根据不同作物、不同发病部位而采用不同的方法和不同浓度，对叶、茎部病害,常采用600-800倍药液喷雾，蔬菜病害一般喷2-3次，间隔7-10天；对种传病害，常进行种了消毒,一般用100倍药液浸种1-24小时，对苗床、营养钵，可采用800-1000药液进行土壤消毒；对土传病害，以灌根为好；对果树茎部病害可对患部进行涂抹。长期的实验表明，从苗期开始连续喷武夷菌素三--四次，该作物将发病率大大降低。
据山村网了解，武夷菌素与植物生长调节剂、粉锈宁、多菌灵等各种杀菌剂混用能提高药效、与杀虫剂混用先试验，切忌与强酸、强碱性农药混用，武夷菌素喷施的时间以晴天为宜，不要在大雨前后或露水未干以及阳光强烈的中午喷施；施用该药以预防为主，应适当提高用药,施药力求均匀、周到，增加施用效果，储存武夷菌素的地点应选择在通风、干燥、阳光不直接照射的地方，低温储存，可延长存储期。
