苹果树在休眠期病虫害防治重点有：苹果树腐烂病、苹果枝干轮纹病。在苹果的休眠期果园内的病原菌停止活动，进入越冬状态，便于集中消灭。同时休眠期的苹果树抗药性较强，可施用高浓度药剂进行防治，同时树上又无叶片，涂抹农药亦很方便。因此，抓住苹果树休眠期进行越冬防治，可收到事半功倍的效果。
苹果树腐烂病和枝干轮纹病主要在初冬或早春刮除病斑或病瘤后抹药。 刮除腐烂病时，刮治的病斑呈梭形，刮病斑的宽度应比原病斑宽出1厘米左右，深达木质部，将病皮彻底消除。刮治前后所用工具要消毒，刮的病皮带出果园烧毁。病斑刮除后要用腐必清2～3倍液或2%农抗120的10～20倍液或5%菌毒清30～50倍液涂抹消毒，半月后再用上述药剂涂抹1次。同时每年早春还要对刮治后3年以内的原病斑用上述药剂再消毒1次。对苹果树腐烂病发生不太严重的果园，还可在冬前或早春采用树体喷药的方法防治。药剂可选用：腐必清或2%农抗120或5%菌毒清100倍液；5波美度石硫合剂；5%菌毒清100倍液加腐必清1000倍液。
