其中厩肥和堆肥多在晚秋或早春整地前翻耕入土；饼肥则在播种或定植前进行沟施或穴施。种植根及地下茎类药用植物，应多施用有机肥。
无机肥的特点是分解快，极易被植物所吸收，为速效性肥料，一般多在植物生长期间作追肥。种植1~2年生及全草类药用植物，苗期要多追施氮肥，促使茎叶生长；
在生长后期配合施用磷、钾肥。多年生和根及地下茎类药用植物，追肥次数要少，一般第一次追肥宜在春季开始生长后，第二次在开花前，第三次在开花后，冬季要重施“腊肥”；木本花、果、种子类药用植物，化肥应在秋季树木进入休眠期前与有机肥一起施入，效果较好。
因为树木在早春萌芽、生长、开花所需要的养分，主要靠前一年贮藏在树体内的有机养分。又因树体内养分的积累是在新梢停止生长和果实采收后进行的，因此，秋季施用速效化肥尤其是氮肥，对增强叶子的光合效率，提高根系吸收和合成养分的能力，增加树体内养分的积累，为下一年丰产打下物质基础，是十分重要的措施。
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