1、及早清理棉田排水系统
应在大雨来临之前，搞好棉田排水系统疏浚，确保排水通畅无阻。做到大雨过后的积水当天排净，不形成内涝。据调查：棉田积水1-2天，造成蕾铃脱落率高达45.7%-78%；积水3-4天，有46%-82%的植株不能恢复生长，而发生枯死。
2、及时扶正倒伏棉株
及时扶正倒伏的棉株，用清水冲掉茎叶上的淤泥，适时培土壅根，以确保光合作用的正常进行。棉株扶正要及时，操作要细心，避免人为损伤根叶，以免造成植株再次受害减产。
3、适时中耕培土
受涝棉田土壤板结较重，通气不良，地温较低，严重影响根系活动，应适时中耕培土，促进根系活力尽快恢复。中耕要等土壤起晾时进行，过早中耕会加重土壤板结。因受涝后棉株根系再生能力下降，为避免伤根，中耕宜浅不宜深，以3～4厘米为宜。结合中耕进行两次浅培土，培土既利于根系生长，也防止以后遭遇风雨时，再次发生倒伏。
4、适时追施速效肥
为了促进棉株尽快恢复生长，在棉株扶正后至中耕前，进行叶面施肥一到两次，两次间隔5-7天。可喷施1%-2%的尿素稀释液，或0.3%的磷酸二氢钾溶液，促进植株尽快恢复生长。待土壤不粘重时，在距棉株10厘米处开沟追施尿素一次，每亩用量6-10公斤。
5、搞好病虫害防治
受涝棉花恢复生长后，新生枝叶较多,且较柔嫩，致使棉蚜、棉铃虫、盲椿象、造桥虫、象鼻虫等害虫发生较重危害，特别要警惕伏蚜的爆发危害。同时受涝棉田因土壤湿度大，易发生烂铃。因此，要加强病虫害调查，搞好综合防治。若害虫的天敌较多，能控制危害时，就不需农药防治，以尽量减少化防次数。发现烂铃要及时择拾，既可减少损失，又能有效控制病害传播。
6、科学整枝，适时浇水
受涝棉株一般比正常棉株生育期推迟一周左右，伏前桃很少，伏桃大幅减少。恢复生长后，极易萌发大量枝杈，徒耗水肥，必须跟上整枝打杈。为了弥补前期结铃的不足，可通过适当晚打顶3-5天，后期遇旱及时浇水，叶面喷施盖顶肥等措施，以促进多结早秋桃来弥补前期的损失。据试验，浇好伏旱水和早秋旱水的棉花，比不浇水的平均单株多结铃2.26个，单铃重增加0.25克，增产31.3%。
