引起番茄细菌性斑点病的病原菌为丁香假单胞杆菌番茄致病变种。种子带菌是番茄细菌性斑点病茎部危害严重的主要原因。细菌性斑点病的病原菌可在土壤中存活至少7个月，成为次年初侵染源。当土壤营养不合理及温湿度相对较高时，病原菌可大量繁殖。田间湿度较大时，定植、除草、整枝打权、采摘等农事操作，易对茎部造成机械损伤，为病原菌的侵染创造有利条件。
番茄播种前应对种子进行消毒，可先用冷水浸湿种子，再将种子放入56℃的温水浸泡30分钟，或选用1.05%次氯酸钠溶液浸种20～30分钟，或选用3%中生菌素可湿性粉剂600～800倍液浸种30分钟。育苗尽量选用新苗床或用营养土育苗。在定植前1个月，每亩用42%威百亩水剂25～40公斤加水500公斤，对土壤进行熏蒸处理。该病为高湿型病害，应严格控制棚内或田间的湿度。田间湿度大时，尽量避免进行整枝、打要杈等农事操作。注意通风，控制棚内温度和湿度。
田间发现病株，应立即清除。发病初期及时施药，可选用72%农用硫酸链霉素3,000倍液，或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液，或3%中生菌素可湿性粉剂800倍液，或20%噻唑锌悬浮剂400～500倍液，或20%叶枯唑可湿性粉剂600倍液等药进行全株喷雾防治，确保叶片正面、背面和茎部表面均匀覆盖一层药膜，隔7～10天喷一次，连续喷2～3次。重病田根据发病情况，必要时增加喷药次数。田间施药时，铜制剂应与其他药剂轮换使用，防治效果会更好，且避免抗药性的产生。
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