影响龙眼生产的病害主要有龙眼鬼帚病和龙眼炭疽病。
龙眼鬼帚病又名丛枝病，一般认为是由病毒引起。发病植株新梢顶部叶畸形，不久干枯脱落成秃枝；枝梢节间缩短，成丛生状、扫帚状的褐色无叶枝群。花穗节间缩短变粗成丛生簇状。花朵畸形膨大、早落。病穗偶有结实，但果小，果肉淡而无味，失去食用价值。对该病的防控应在进行苗木检疫、杜绝毒源基础上，加强栽培管理，及时防治传毒昆虫。
龙眼炭疽病主要为害龙眼幼苗、未结果和初结果的幼龄树，成年树的嫩梢和花穗也常被害。发病初期在幼嫩叶片正面形成暗褐色、背面灰绿色的近圆形斑点，最后形成红褐色边缘的灰白色病斑，其上着生不规则的小黑点（病原菌的繁殖体）。枝条、花果受害呈褐色至暗褐色坏死或腐烂。病部表面常常可见到朱红色的黏孢团和白色的霉层。
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