（1）种子处理：播种前种子要进行消毒。用2%的福尔马林浸种2-3小时，用1%的硫酸铜浸种1-2小时。
（2）农业防治：选用无病种子，不用带病稻谷作种子；可用56°C温肠浸种5分钟进行稻种消毒。带病秕谷用于高温沤制堆肥。合理施肥，采用配方施肥技术，改造冷水田。
（3）药剂防治：在始穗到齐穗期各喷1次，重病区在乳熟到蜡熟期在喷1次。恶唑菌酮、嘧菌酯、羟菌唑，均可用于防治水稻颖枯病。羟菌唑既可茎叶处理又可做种子处理又可做种子处理，茎叶处理有效成分为每667平方米2-4克，持效期5-6周；种子处理有效成分为每100千克种子用2.5-7.5克。
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