1.选抗病品种
这是防治黄萎病、提高棉花产量最为经济、有效的措施。
2.轮作倒茬
在棉田种植3～5年的田块或病株较多的田块采取轮作方式。以多年种植禾本科作物的田块轮换倒茬。
3.加强棉田管理
清洁棉田，减少土壤菌源，及时清沟排水，降低棉田湿度，使其不利于病菌滋生和侵染。平衡施肥，氮、磷、钾合理配比使用，切忌过量使用氮肥，重施有机肥，侧重施氮、钾肥，以利棉株健壮生长，增强自身的抗逆能力。整个生长期喷施黄腐酸钾3～4次可减少黄萎病的发病几率。
4.药剂处理
①棉花种植前土壤消毒：用五氯硝基苯、清壤或立本净等土壤消毒剂同肥料一同撒施深翻施入土壤。
②棉花苗期管理应采取“以防为主、以治为辅”的措施，喷施70%代森锰锌500～600倍液、乙蒜素1000倍液或菌毒克1000倍液。苗期组织幼嫩，药剂易吸收，苗期喷施药剂2～3次，可减少发病几率，易起到预防为主的预期效果。
③花铃期。是黄萎病易大发生的时期，根据黄萎病株显现明显这一特点，为了降低成本，可采取零星病点治疗法。在病害发生轻的棉田，对病株及病株周边的健康棉株用乙蒜素1000倍液或无氯硝基苯1000倍液均匀喷施，同时每株用配好的药液0.25～0.5公斤药液灌根；对较重病株，重复喷灌2～3次，病株能得到及时控制；严重者拔除棉田病株，连同枯枝落叶，集中作燃料使用或在病田地边及时烧毁，拔除病株的同时及时灌根，以防当年或第二年侵染循环。
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