1.1三叶期茎腐病的发病症状
茎腐病一般在三片展叶期开始发病，病害症状十分明显：病害从茎基部或最下部一片叶柄基部始发，初期为1mm左右大小的水迹状斑点，病斑多为长圆形或椭圆形，病斑中央比周围的颜色较深，随着烟株的生长而病斑长大，病斑中央颜色逐渐加深至褐色或深褐色。
茎腐病不同于“根腐病”，拔起发病烟株观察，则烟株根系生长正常，没有发病症状，而“根腐病”则根部有发病症状；茎腐病不同于“黑茎病”和“黑杆病”，拔起发病烟株，剥开幼茎内部完好无损。
没有发病症状，该病害是从外部发生侵染入内发生危害的，而“黑茎病”和“黑杆病”则烟株茎部剥开幼茎内部首先出现发病症状。
1.2四叶期及以后茎腐病的发病症状
随着发病烟株生长到四片展叶期及以后茎腐病的病斑症状更为显著：病斑中央颜色呈现出深褐色或黑褐色并且稍微凹陷下去，随着烟株的生长病斑也在扩展，病斑可以扩大至7～13mm不等。
烟株有病斑部位的叶片开始发黄→逐渐萎焉→以致枯萎→在水中会腐烂，病害会随着水流迅速传播。烟株移栽以后大田期一般不再发病。
2. 茎腐病的发病规律
经过多年的烤烟漂浮育苗中的田间调查研究发现：茎腐病的发病是有一定的规律性。
影响病害发生的主要因素有三：一是气候条件处于较高的温度和很高的湿度，二是水质不洁净，三是水中含有丰富的N、P、K肥料。具体调查研究情况如下：
2.1茎腐病发病的气候条件
较高的温度和很高的湿度，或遇到连绵阴雨是茎腐病发生最主要的气候条件，只有较高的温度而没有很高的湿度，即在高温干燥的气候条件下茎腐病不会发生；
同样，只有高湿度而没有较高的温度，在低温阴雨的气候条件下茎腐病也不会发生。
经过多年的观察记录、调查研究发现：白天最高大气温度在23℃以上，白天大气湿度在90%以上，是茎腐病发生的最佳温度、湿度条件。在漂浮育苗小拱棚内部，烟苗处在3～4叶期时，一旦棚内气温超过25℃，湿度超过90%时，就极有可能发生茎腐病。
2.2茎腐病发病的水分及水质条件
除了空气中的较高的湿度以外，育苗小拱棚内部高湿度也是发病的重要一个因素，当育苗小拱棚内空气湿度在90%以上时，极容易发生茎腐病，棚内空气湿度在80%以下时，不容易发生茎腐病；另外，漂浮育苗的水质如果不洁净，再加上高温高湿，连绵阴雨的天气条件，就有可能发生茎腐病。
2.3茎腐病发病的肥料条件
在漂浮育苗的水中N、P、K肥料的浓度过高也是茎腐病容易发生的一个重要因素。因为过量的施肥会造成漂浮育苗的水中N、P、K肥料的浓度过高，导致烟苗吸收的N、P、K肥料过多，最后烟苗体内所含的N、P、K肥料比例也相对较多，烟苗体内的C：N（碳氮比）就会降低（碳的比例下降，氮的比例上升）。
这样烟苗的抗病性和抗逆性都会下降，因此，烟苗被病菌侵染的机率就会大大地提高，因此，往往在漂浮育苗的水中施入超过正常施肥量的复合肥，小拱棚的苗床里就容易发生茎腐病，并且其发病率远远高于按照正常操作规程施肥量施肥的小拱棚。
经过调查：在同样气候、同样水质条件下，按照正常操作规程施肥的小拱棚里烟苗发病株率仅仅是3～5%，而过量施肥的小拱棚里发病株率则是13～24%，极个别小拱棚里发病株率更是在24%以上。
