藿香根腐病
此病多发生于夏季多雨季节，病株从根部和根状茎处发生腐烂，逐渐延至地上部，使皮层变褐色，最后枯萎而死。
防治方法：拔除病株并集中烧毁，再在病穴上撒入石灰消毒，或50%甲基托布津800倍液，或用50%多菌灵500倍液浇灌病穴。
藿香枯萎病
此病在6月中旬至7月上旬发生，最初病株叶片及叶梢部下垂，青枯状，最后根部腐烂，全株枯死。
防治方法：
1.藿香收获后，清除病残株，集中烧毁，消灭越冬病原菌。雨后及时疏沟排水，降低田间湿度；
2.结合喷药叶面喷施磷酸二氢钾，提高植株抗病力；
3.发病初期拔除病株并用50%多菌灵500倍液，或50%甲基托布津800倍液，或40%多菌灵胶悬液500倍液浇灌病穴及邻近植株根部，防止蔓延。
藿香角斑病
主要危害叶片，多雨季节发生，开始时呈水浸状病斑，以后逐渐扩大为多角形褐色病斑，严重时叶片干枯脱落，造成减产。
防治方法：发病初期用1：1.5：120倍波尔多液，或72%农用链霉素1000倍液、或77%可杀得500倍液喷雾防治，7~10天喷1次，连喷2~3次。
藿香褐斑病
真菌病害，主要危害叶片，5~6月份在叶面形成近圆形的病斑，中间淡褐色，边缘暗褐色，并生淡黑色霉状物，潮湿雨季严重。
防治方法：摘除病叶烧毁，用1：1：120倍波尔多液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、或58%甲霜灵锰锌500倍液喷雾防治。
藿香斑枯病
叶片两面病斑呈多角形，初时直径1~3mm，暗褐色，叶色变黄，严重时病斑汇合，叶片枯死。
防治方法：发病初期喷洒50%瑞毒霉1000倍液，每隔7天喷1次，连续喷2~3次。
蚜虫
成虫和若虫群集在嫩梢嫩叶上危害，使植株生长不良，不能正常长出新芽新叶。
防治方法：用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液喷洒，或50%抗蚜威可湿性粉剂2000倍液、或40%乐果乳油1500倍液喷洒。收前半个月停药，免留残毒。
藿香红蜘蛛
6~8月高温低湿季节发生严重，该虫主要吮吸植株营养，橘红色或黄色，在叶背面吸食汁液，受害部位初现黄白色小斑，逐渐成大黄褐色焦斑，最后全叶变黄脱落。
防治方法：用虫螨立克1500倍液、或40%速克朗或1.8%阿维菌素3000倍液喷洒。
藿香银纹叶蛾
银纹叶蛾以其幼虫咬食叶片成孔洞或缺刻，幼虫白天潜伏在叶背，晚上和阴天多在叶面取食。
防治方法：用90%晶体敌百虫1000倍液，或25%杀虫脒水剂300~350倍液喷雾。
藿香卷叶螟
卷叶螟以其幼虫在幼芽、幼叶上吐丝卷叶，藏于其中咀食叶片。
防治方法：用敌百虫300~400倍液叶面喷洒。
藿香地老虎及蝼蛄
害虫咬断幼苗根茎，造成缺苗，影响产量。
防治方法：用90%晶体敌百虫做成毒饵诱杀，或用50%辛硫磷1000倍液拌毒土条施于沟内。
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