一、茎腐病
该病主要损害1—2年生幼苗，高温条件下，是引诱茎腐病的主要起因。在高温下苗木受损害，抗病性减弱，病菌生长滋生快，从苗木伤口侵入，引起病害发生。另外，苗圃地低洼积水，苗木生长不良容易发病。在6—8月气象延续燥热时发病重。
提早播种，在高温季节来临之前提高幼苗木质化程度，加强对茎腐病抵挡力，并进行苗圃泥土消毒，恰当遮荫，及时灌溉。在发病初期用50％甲基托布津1000倍液进行防治。
二、霉烂病
在贮藏期损害银杏种仁，在温度20℃左右，湿度较大的条件下蔓延致病，未成熟或破碎种子发病较多。种子必须充分成熟后采收，同时避免损害种皮。贮藏前要充分凉干，拣去碎种、病种，贮藏室要维持低温，并留意通风。贮藏前用0.5％高锰酸钾溶液浸种30分钟，或用40％甲醛稀释10倍液喷洒消毒。
三、叶枯病
病原菌主要在落叶上越冬，翌年3月间形成孢子，侵染新叶。苗木6月初发病，8—9月为发病盛期。通常苗木发病率比大树高。
加强管理，消除落叶，恰当施肥。合理配植树种，避免与水杉、松、茶、葡萄套种。幼树和大树在7月上旬发病初期用40％多菌灵500倍液进行防治，苗木防治时间大约在6月上旬到8月下旬，同时加入0.5％磷酸二氢钾、0.2％尿素液进行喷施，加强其抗性。
四、干涸病
病菌自伤口侵入骨干或枝条，在光滑树皮上形成不规矩病斑。以风、雨、昆虫与鸟类传播，5月后树干涌现新病斑，7—9月份为发病盛期。保护树体，避免创伤，加强树势，提高抗病力。消除重病植株和有病枝干并及时销毁，枝干或枝条上病斑，刮除后用10％碱水涂抹，效果很好。
