臭豆腐中含有植物性乳酸菌，跟酸奶中的一样。有“植物性乳酸菌研究之父”之称的日本东京农业大学冈田早苗教授发现，臭豆腐、泡菜等食品当中，含有高浓度的植物杀菌物质，包括单宁酸、植物碱等，而植物性乳酸菌在肠道中的存活率比动物性乳酸菌高。
臭豆腐分臭豆腐干和臭豆腐乳两种，都是很流行的小吃。臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，一般经过油炸、加卤和发酵等几道程序，在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，对温度和湿度的要求非常高。北京食品酿造研究所所长鲁绯告诉记者，它的原料豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15%—20％，与肉类相当，同时含有丰富的钙质。经过发酵后，蛋白质分解为各种氨基酸，又产生了酵母等物质，所以有增进食欲，促进消化的功效。臭豆腐乳其饱和脂肪含量很低，又不含胆固醇，还含有大豆中特有的保健成分——大豆异黄酮，因此被称为中国的“素奶酪”，它的营养价值甚至比奶酪还高。
吃臭豆腐，对预防老年痴呆还有积极作用。一项科学研究表明，臭豆腐一经制成，营养成分最显著的变化是合成了大量维生素Ｂ12。每100克臭豆腐可含有10微克左右。缺乏维生素B12可以加速大脑老化进程，从而诱发老年痴呆。而除动物性食物，如肉、蛋、奶、鱼、虾含有较多维生素B12外，发酵后的豆制品也可产生大量维生素B12，尤其是臭豆腐含量更高。
臭豆腐虽好，也不能多吃。鲁绯表示，其一，臭豆腐含盐量超标，不符合每人每天摄盐量不超过6克的标准，尤其高血压患者更要注意；身体健康的人也应设定上限，每天最好别超过一块。第二，油炸臭豆腐一般是以新鲜豆腐短暂浸泡“臭卤水”，让臭卤水中的细菌、霉菌分解豆腐中的蛋白质，进而使豆腐的组织松弛，散发出臭味，然后再油炸，营养含量下降，因此尽量少吃。
在食用臭豆腐时，不妨夹在馒头里或者和粥一起吃，口感最好。饭后，则建议大家多吃新鲜的蔬菜和水果，它们含有的维生素C可阻断亚硝胺生成。
