大豆菌核病多从植株主茎中下部分枝处开始发病，病斑水渍状，不规则形，浅褐色或近白色，可环绕茎部并向上下蔓延，病部以上往往枯死，也可造成茎秆折断，潮湿时病部生絮状白色菌丝，其上产生黑色鼠粪状菌核，病茎髓部变空，菌核占其空间。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂。叶片被害时呈暗青色水渍状，腐烂，有时有絮状菌丝。
菌核萌发出土后至子囊盘形成盛期，于土表喷洒50%速克灵可湿性粉剂，每亩约30克～60克，加水40公斤～50公斤喷雾。或用50%多菌灵可湿性粉剂每亩100克或30%菌核利可湿性粉剂50克，加水50公斤也有良好效果，但在发病后喷洒植株表面效果较差。
